A pesar de nacer en Kioto, vivió la mayor parte de su juventud en Kōbe. Su padre era hijo de un sacerdote budista. Su madre, hija de un comerciante deOsaka. Ambos enseñaban literatura japonesa.

Estudió literatura y teatro griegos en la Universidad de Waseda (Soudai), en donde conoció a su esposa, Yoko. Su primer trabajo fue en una tienda de discos (tal como uno de sus personajes principales, Toru Watanabe de Norwegian Wood). Antes de terminar sus estudios, Murakami abrió el bar de jazz "Peter Cat" ('El Gato Pedro') en Tokio, que funcionó entre 1974 y 1982.

En 1986, con el enorme éxito de su novela Norwegian Wood, abandonó Japón para vivir en Europa y América, pero regresó a Japón en 1995 tras elterremoto de Kobe, donde pasó su infancia, y el ataque de gas sarín que la secta Aum Shinrikyo ('La Verdad Suprema') perpetró en el metro de Tokio. Más tarde Murakami escribiría sobre ambos sucesos.

La ficción de Murakami, que a menudo es tachada de literatura pop por las autoridades literarias japonesas, es humorística y surreal, y al mismo tiempo refleja la soledad y el ansia de amor en un modo que conmueve a lectores tanto orientales como occidentales. Dibuja un mundo de oscilaciones permanentes, entre lo real y lo onírico, entre el gozo y la obscuridad, que ha seducido a Occidente. Cabe destacar la influencia de los autores que ha traducido, como Raymond Carver, F. Scott Fitzgerald o John Irving, a los que considera sus maestros.

Muchas novelas suyas tienen además temas y títulos referidos a una canción en particular, como Dance, Dance, Dance (de The Dells), Norwegian Wood(los Beatles), y South of the Border, West of the Sun (La primera parte es el título de una canción de Nat King Cole). Esta afición -la música- recorre toda su obra.

A finales del 2005, Murakami publica una colección de cuentos llamada Tōkyō Kitanshū, traducido libremente como "Misterios Tokiotas". Recientemente ha editado una antología de relatos llamada Historias de Cumpleaños, que incluye historias por escritores angloparlantes, e incluyendo una suya, preparada especialmente.