A partir de un análisis microanalítico exhaustivo, casi detectivesco, que incluye retazos de historia familiar, Muertes oscuras estudia los asesinatos y la represión que por causas políticas tuvieron lugar a partir de julio de 1936 en el País del Bidasoa. Esta zona, muy mayoritariamente carlista, acogió con notable abulia el golpe de Estado, aportando poquísimos voluntarios al bando golpista en los primeros momentos. Los asesinatos políticos se cebaron, principalmente, con los escasos izquierdistas existentes, aunque también golpearon al PNV/EAJ.

El carácter subterráneo y oscuro de muchos de esos crímenes respondía al supuesto propósito de dar ejemplo, pero también a que la comarca era un ecosistema social peculiar, dada la tradicional presencia en la zona de los contrabandistas, que practicaban un juego a múltiples bandas, ya que además de pasar armas, documentos y billetes estampillados, crearon nuevas redes de evasión de desafectos por los montes de la zona a través de las cuales cientos de ellos lograron evadirse.

El libro estudia también el crimen de Gaztelu, por el que una mujer y seis de sus hijos fueron asesinados y arrojados a una sima, incorporando nuevos datos que conducen a pensar que este cruel episodio obedeció a unas motivaciones de carácter ideológico.